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生科學(xué)院課題組聚焦新冠病毒共感染病原體的檢測(cè)與研究

2020/06/02    信息來(lái)源: 北大新聞網(wǎng)   作者:    編輯:王道琳

目前,新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)疫情嚴(yán)峻,截至4月8日,全球已累計(jì)確診近134萬(wàn)例,死亡超7萬(wàn),對(duì)人類(lèi)生存健康造成了嚴(yán)重的危害。COVID-19是由新型冠狀病毒SARS-CoV-2感染導(dǎo)致的,而感染者除了典型的肺炎等呼吸系統(tǒng)癥狀外,還伴隨多組織多器官的其它多種癥狀,其原因很可能是存在其它病原體的共感染或繼發(fā)感染。確定共感染的病原體類(lèi)型與癥狀之間的關(guān)系,對(duì)于對(duì)癥治療和用藥指導(dǎo)尤為重要。但是,如何做到對(duì)臨床樣品中共感染的多種病毒、細(xì)菌和真菌等病原體同時(shí)進(jìn)行快速、無(wú)偏向性的檢測(cè)呢?

北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院伊成器課題組新近發(fā)展的基于轉(zhuǎn)座酶的TRACE (Transposase assisted RNA/DNA hybrid Co-tagmEntation)建庫(kù)測(cè)序技術(shù),能夠快捷地檢測(cè)與新冠病毒共感染的潛在病原體。TRACE技術(shù)不同于繁瑣、耗時(shí)久的傳統(tǒng)RNA-seq建庫(kù)流程,所有步驟均在一個(gè)試管中完成,建庫(kù)總時(shí)長(zhǎng)小于6小時(shí),操作時(shí)長(zhǎng)不超過(guò)2小時(shí),將原來(lái)需要數(shù)天完成的程序降低到半天;同時(shí),TRACE技術(shù)能夠避免RNA材料的損失,縮小RNA起始量至納克級(jí)別,降低建庫(kù)成本,實(shí)現(xiàn)了簡(jiǎn)便、快速、靈敏、高效的RNA建庫(kù)測(cè)序。TRACE技術(shù)可用于對(duì)鼻咽拭子、痰和糞便等樣本的建庫(kù),使得臨床樣品中新型冠狀病毒RNA基因組和共感染病原體宏基因組的檢測(cè)更為便捷,有望在臨床上為定制個(gè)性化診療策略提供幫助。

這項(xiàng)工作(“病毒基因組學(xué)測(cè)序技術(shù)在新型冠狀病毒研究中的應(yīng)用”)的開(kāi)展離不開(kāi)國(guó)家和學(xué)校的支持以及團(tuán)隊(duì)協(xié)作。該應(yīng)急項(xiàng)目還包括中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所劉翟課題組和武漢希望組的成員。此外,南京諾唯贊生物科技有限公司為項(xiàng)目開(kāi)展提供了關(guān)鍵試劑。目前,項(xiàng)目組已將該技術(shù)試用于臨床樣品的RNA文庫(kù)構(gòu)建和病毒檢測(cè),并將TRACE技術(shù)應(yīng)用于首批病人咽拭子樣品的宏基因組測(cè)序。伊成器課題組正在利用臨床樣品進(jìn)一步優(yōu)化TRACE技術(shù),以快速實(shí)現(xiàn)更多臨床樣品的共感染病原體的檢測(cè)和分析,為新冠感染者的臨床診治提供更多理論依據(jù),助力疫情防控取得更多進(jìn)展。


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